谷口です。今回は注文管理の比較をします。
Magento
注文管理概要
注文作成、編集、エクスポート、（一部のステータスに限りるが）一括ステータス変更ができます。削除ができないのが特徴的です。
ステータスと在庫連動
ステータスをキャンセルにしたときや返金処理をしたときに在庫を戻すか選択ができます。
入金管理
明細単位で管理します。
配送管理
明細単位で管理します。
コメント機能
注文データにコメントを管理者が付けられます。そのコメントを顧客にメール通知するか否か、フロント（マイページの注文履歴）で表示するか否かを選択できます。管理画面の注文詳細画面でコメントの履歴を確認できます。
再注文
管理画面から再注文ができます。
帳票
3種類（納品書、領収書、クレジットメモ）あり、それぞれPDF形式・HTML形式で出力することができます。
EC-CUBE
注文管理概要
注文作成、編集、エクスポート、一括ステータス変更、削除ができます。一括ステータス変更は任意の注文リストからではなく、特定のステータスの注文リストから特定のステータスに変更する形で提供されています。
ステータスと在庫連動
連動できません。
入金管理
注文単位で管理します。
配送管理
注文単位で管理します。
コメント機能
管理者側のコメント機能はありません。
再注文
管理画面からの再注文はできません。
帳票
1種類（納品書）で、PDF形式で出力できます。HTML形式では出力できません。
Zen Cart
注文管理概要
注文作成、編集、エクスポート、一括ステータス変更はできないが、削除はできます。
ステータスと在庫連動
ステータス変更では連動しませんが、注文データを削除するときに在庫を戻すか選択ができます。
入金管理
注文単位で管理します。
配送管理
注文単位で管理します。
コメント機能
注文データにコメントを管理者が付けられます。そのコメントを顧客にメール通知するか否かを選択できます。管理画面の注文詳細画面でコメントの履歴を確認できます。Magentoと違う点は、フロント（マイページの注文履歴）では必ず表示される点です。
再注文
再注文機能がありません。
帳票
2種類（納品書、配送票）あり、それぞれHTML形式でのみ出力することができます。PDF形式での出力はできません。
まとめ
Magentoは注文の削除ができないようになっているため、複数人体制でも安全に運用ができます。また、入金管理や配送管理を明細単位で行うことができるため、一部入金された注文の管理もできます。コメント機能も通知の調整ができるため、管理者メモや、システムで処理した結果の記載など顧客に見せたくない情報も注文データに残せます。